La inyección de los fertilizantes en la red puede realizarse en el cabezal de riego o al principio de cada unidad de riego.
En cualquier caso, siempre hay que colocar un sistema de filtrado entre el sistema de inyección y la red. En el caso de que el equipo de fertirrigación vaya en el cabezal, hay que instalarlo después de los filtros de arena, para evitar la proliferación de microorganismos en la arena, lo cual reduciría la eficacia del filtro.
Después del sistema de fertirrigación se colocan filtros de malla o de anillas. Si la inyección se hace en el cabezal, hay que asegurarse de que los elementos del mismo aguas arriba del punto de inyección sean resistentes al poder corrosivo de las soluciones fertilizantes.
Los filtros precisan de una limpieza periódica para prevenir obturaciones y las consecuentes pérdidas de carga. Es habitual que los filtros de malla y de anillas dispongan de un sistema automático de limpiado.
Pueden realizarse algunas operaciones sencillas que disminuyen el riesgo de obturaciones de los emisores.
Es conveniente, por ejemplo, aplicar el fertilizante en una fase intermedia del riego, suministrando agua sin fertilizantes al principio y al final de cada riego. Conviene también abrir los extremos de las tuberías cada cierto tiempo, y dejar que el agua arrastre las posibles impurezas.