Para conseguir la separación natural del aceite y de los residuos sólidos, el aceite de oliva debía ser decantado. Para conseguirlo, se vertía el aceite en unos depósitos que, por gravedad, retenían los residuos en el fondo, mientras que el aceite quedaba sobrenadando, en la parte alta del depósito. Desde allí se recogía con grandes jarrones de arcilla. En ocasiones se empleaban jarras de almacenamiento conectadas entre sí, como las encontradas en el norte de África.

El prensado en la actualidad, con la utilización de sistemas de centrifugado en dos o tres fases, permite centrifugar la pasta que ya ha sido prensada en un decantador de eje horizontal, pudiendo también decantarse o centrifugarse la fase oleosa, lo cual deja el aceite limpio y preparado para su almacenamiento.

Poco antes del envasado, el aceite debe ser filtrado para eliminar cualquier tipo de impureza que pueda permanecer en forma de poso.